Ogólnie drobnoustroje można podzielić na: pasożyty i roztocza. Pierwsze żyją na organizmach żywych i są to głównie mikro­organizmy chorobotwórcze, drugie żyją na martwej materii i roz­kładają ją na składniki prostsze. Poza wymienionym powyżej podziałem ze względów praktycz­nych w mikrobiologii technicznej, którą my się zajmiemy istnieje podział na: drobnoustroje pożyteczne, przynoszące swą działalnością korzyść człowiekowi; drobnoustroje szkodliwe, działające ujemnie w gospodarce człowieka, które staramy się zniszczyć lub unieszkodliwić. Najpospolitszym i najpraktyczniejszym podziałem, jest podział drobnoustrojów przemysłowych na: bakterie, drożdże i pleśnie. Różnią się one sposobem życia i rozmnażania a także wielkością: najmniejsze są bakterie, organizmy jednokomórkowe, rozmnaża­jące się na ogół przez podział na dwie jednakowe nowe komórki. Większe nieco są drożdże, także jednokomórkowe organizmy, roz­mnażające się zasadniczo przez tzw. pączkowanie. Wreszcie pleśnie, przeważnie organizmy wielokomórkowe, rozmnażające się przez kiełkowanie i wzrost kończynowy, tworząc tzw. plechę, czyli nie­regularny splot nitkowatych komórek, podzielonych lub nie po­dzielonych ściankami działowymi. Komórki te są zwykle dość duże, często widoczne gołym okiem. Pleśnie i drożdże oraz niektóre bakterie wytwarzają zarodniki (przetrwalniki) — specjalne ciała owocujące, mające zdolność do przetrwania warunków niekorzy­stnych dla ich rozwoju np. w niskich i wysokich temperaturach.